土地、厂房、机器设备、厂房周边树木等转让出售有关增值税处理
甲私营企业属一般纳税人，因破产清算，将自建厂房和机器设备进行转让，员工早离职了，包括会计都离职了，现在账放代理记账公司的。
总局公告2011年第13号规定：纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，不属于增值税的征税范围，其中涉及的货物转让，不征收增值税。
但案例中的企业破产清算，只转让资产，不转让负债(走破产程序)，且早已没有员工，不满足增值税不征税的条件。
1. 转让自建房含土地-全额计征增值税（非外购不得差额交增值税）
根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)附件1《营业税改征增值税试点实施办法》附《销售服务、无形资产、不动产注释》规定：“三、销售不动产：转让建筑物有限产权或者永久使用权的，转让在建的建筑物或者构筑物所有权的，以及在转让建筑物或者构筑物时一并转让其所占土地的使用权的，按照销售不动产缴纳增值税。”
根据财税〔2016〕36号附件2头部条第八项第2项规定，一般纳税人销售其2016年4月30日前自建的不动产，可以选择适用简易计税方法，以取得的全部价款和价外费用为销售额，按照5%的征收率计算应纳税额。
因此，该企业转让不动产，无论房屋和土地价款是否分开计算，都应按照销售不动产缴纳增值税。由于是自建房屋，不适用差额纳税规定，即不能够减去该项不动产购置原价或者取得不动产时的作价。
2.转让自建房-周围绿化转让-如何交增值税
（1）绿化树木单独计价-总局2011年48号公告规定-免增值税：
企业将购入的农、林、牧、渔产品，在自有或租用的场地进行育肥、育秧等再种植、养殖，经过一定的生长周期，使其生物形态发生变化，且并非由于本环节对农产品进行加工而明显增加了产品的使用价值的，可视为农产品的种植、养殖项目享受相应的税收优惠。
（2）绿化树木不单独计价-财税〔2009〕113号)规定-按销售不动产交增值税：
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十三条第二款所称建筑物，是指供人们在其内生产、生活和其他活动的房屋或者场所，具体为《固定资产分类与代码》(GB/T14885-1994)中代码前两位为‘02’的房屋;所称构筑物，是指人们不在其内生产、生活的人工建造物，具体为《固定资产分类与代码》(GB/T14885-1994)中代码前两位为‘03’的构筑物;所称其他土地附着物，是指矿产资源及土地上生长的植物”，属于土地附着物。
因此，绿植如果单独计价可享受增值税免税优惠;不单独计价的，应与土地、房屋一起合并计税。
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